Rijeka Krupa izbija na površinu usred sjevernog dijela belokranjske ravnice u snažnim krškim izvorima ispod 30 m visoke, izrazito tektonski rasjednute stijenske stijene. Po vodnatosti je izvor Krupe najveći u Beli krajini: apsolutni minimalni protok iznosi oko 400 l/s, a prosječni minimalni oko 1000 l/s. Većina ostalih izvora ima protok tek do 50 l/s, a iznimka je samo zahvaćeni izvor Dobličice s protokom od 150 l/s.
Krupa je u krški ravnjak usjekla izraženo, mjestimice kanjonsko korito. Nakon 2,5 km toka ulijeva se u rijeku Lahinju. Visinska razlika između izvora Krupe i ušća iznosi 6 m, što je nekoć omogućavalo rad četiri mlina i dviju pilana.
Područje uz rijeku bilo je naseljeno još u prapovijesti, o čemu svjedoče jedina poznata paleolitička špiljska postaja u Beli krajini, Judovska hiša, te nalazi iz prapovijesnog naselja Moverna vas. U srednjem vijeku grad Krupa na desnoj obali rijeke imao je iznimno važnu gospodarsku ulogu za Belu krajinu. Dobar kilometar od izvora nalazi se znamenita barokna crkva Svete Trojice na Vinjem Vrhu, a prije ušća Krupe u Lahinju stoji nekadašnja hodočasnička crkva Žalosne Majke Božje u Kloštru.

Do 1983. godine izvor Krupe predstavljao je jedini prikladan izvor za regionalno zahvaćanje vode. Zbog povećanih koncentracija polikloriranih bifenila (PCB) u vodi i sedimentu do zahvata nije došlo. Novija hidrogeološka istraživanja već upućuju na mogućnost korištenja dubljih podzemnih krških voda zaleđa Krupe. Utvrđuje se da se ekološko opterećenje okoliša PCB-om znatno smanjilo, jer Krupa iz podzemlja iznosi sve manje onečišćen sediment. Najnovija istraživanja zraka nad površinom rijeke Krupe također pokazuju da je zbog isparavanja sada 5 do 10 puta manje opterećen nego prije deset godina, odnosno čak 100 puta manje nego što je bilo onečišćenje zraka u općini prije provedenih sanacijskih mjera.
Rijeka Krupa sa zaštićenim područjem proglašena je 1997. godine prirodnim spomenikom.